Точно неизвестно, когда именно было основано глобальное агентство безопасности З.А.Щ.И.Т.А. Соколиный глаз однажды утверждал, что он и Ник Фьюри основали З.А.Щ.И.Т.У. после Холодной войны, но, немногим более, десяти лет назад, Фьюри был приписан к армейскому подразделению (возможно, части З.А.Щ.И.Т.Ы.) сопровождавшим Оружие Икс. В определенный момент наряду с глобальным увеличением популяции мутантов. З.А.Щ.И.Т.А. расширилась в многонациональную организацию с тысячами агентов по всему миру. В пределы компетенции организации попадали все практически все разработки, ведущиеся в направлении генетики, вооружении и других научных изысканий. Полковник Райт возглавлял Оружие Икс, которое к тому времени превратилось в антитеррористическую организацию (подведомственную З.А.Щ.И.Т.Е.), использующую пленных мутантов как бойцов и подопытных. Отдел полковника Фьюри занимался Проектом Суперсолдата (велись попытки повторить процесс, наделивший Капитана Америка силой), и следил за соблюдением договора о запрещении ядерных испытаний. Убежденный, что следующая война будет генетической, Фьюри уполномочил некоторые гражданские корпорации, типа ОзКорп разработать сыворотку суперсолдата для З.А.Щ.И.Т.Ы.. Были также разработыны отдельные сектора, специализировавшиеся на определенной области суперспособностей (например псионика), типа британского филиала У.Д.А.Р.. Генерал Росс наблюдал за всеми аспектами деятельности, и лично контролировал школу гениев располагавшуюся в Здании Бакстера.
После потери финансирования З.А.Щ.И.Т.Ы., ОзКорп разработал «сыворотку Оз», которая привела к нескольким мутациям, включая Нормана Озборна и Питера Паркера (Человек-Паук). Фьюри был лично заинтересован в обоих делах, поэтому приставил Агента Брэдли к школе Питера и тайно контролировал Осборна. После нападения террориста мутанта Магнето на Вашингтон, бюджет организации был увеличен; Оружие X было закрыто (нынешняя администрация не поддерживала действия по похищению невинных мутантов), и заменено маленьким добровольческим отрядом, названым командой Алтимэйтс. Райт, которому не понравились такие планы, попытался убить Росса. В связи с выведением генерала Росса из строя, Ника Фьюри назначили главой З.А.Щ.И.Т.Ы., первое что он сделал это убил полковника Райт при попытки сопротивления и окончательно закрыл Оружие Икс. Ник был повышен в звании до генерала и перенес базу З.А.Щ.И.Т.Ы в Трискелион, находящийся в гавани недалеко от Нью-Йорка.
Первые несколько месяцев под управлением нового генерала были напряженными: Алтимэйтс были представлены обществу, были арестованы Доктор Осьминог и Песочный Человек, закрыта незаконная генетическая лабораторию Джастина Хаммера, с помощью Человека-Паука был обезврежен, Зеленый Гоблин (мутировавший Норман Озборн), и оказана помощь Людям Икс в выслеживании Дэвида Ксавьера, известного как Протей. Однако самое известная битва З.А.Щ.И.Т.Ы. произошла с инопланетянами Читаури. Хэлликарриер был разрушен, около 20 000 агентов погибли, но с помощью команды Алтимэйтс вторжение удалось остановить.
После очередной глобальной угрозы, Магнето был помещен в Трискелион, а его пособники были отправлены в лагерь Икс-Фактор на Гуантанамо. После этого инцидента, Люди Икс были переданы под юрисдикцию Фьюри. Тем временем, З.А.Щ.И.Т.А. подвергла большинство генетически-модифицированных перступников исследованию, проводимому Хэнком Пимом (Великаном). Электро, Кравену, Песочному Человеку, Доктору Осьминогу и Зеленому Гоблину удалось бежать. Назвавшись Зловещей Шестеркой, они пытались шантажировать Президента, но были повержены в решающей битве на лужайке у Белого Дома. Тайный агент Карма помогла раскрыть анти-мутантский заговор в высших эшелонах власти. Гарри Осборн, был схвачен, после того, как выяснилось, что он тоже был подвергнуть генетической модификации. З.А.Щ.И.Т.Е. пришлось временно объединиться с Людьми Икс и Фантастической Четверкой, чтобы остановить нашествие Галактуса. Недавно иностранные захватчики разрушили Трискелион, уничтожили большинство агентов и заняли ведущие американские города. Неизвестно, смогут ли герои противостоять этой силе.
