Оставив радикальное Братство Мутантов и получив секретную финансовую поддержку от Клуба Адского Огня, Чарльз Ксавьер основал Институт Ксавье для одаренных детей в Нью-Йорке. Он собрал команду мутантов, назвав её Людьми Икс: Циклоп, Джина Грей, Колосс, Гроза и Зверь - защитники мутантов, они стремятся к мирному сосуществованию мутантов и всего человечества. Человек-лёд присоединился к ним, во время первой миссии команды, целью которой и было спасти его от Стражей. Росомаха вошел в ряды мутантов-миротворцев после того, как Люди Икс спасли его от Оружия Икс, во главе с полковником Райтом.
Когда Братство похитило дочь Президента Америки, Люди Икс освободили ее, получив взамен покровительство Президента, и программа Стражей была закрыта. Циклоп, которому не понравился приход Росомахи в команду, перешел на сторону Братства, тем временем база Братства была обнаружена, и Президент отдал приказ по её уничтожению. В атаку направили оставшихся Стражей, но Магнето перепрограммировал их и попытался уничтожить Вашингтон. Циклоп успел предупредить команду, но Магнето удалось победить лишь с помощью Пьетро (его сына), который воспользовавшись своей суперскоростью сорвал шлем с головы отца, открыв тем самым доступ Чарльзу для телепатического воздействия на Магнето. Ксавье подавил волю Магнето и превратив его в магнит взорвал в небе над Вашингтоном. Вскоре на Институт напала организация «Оружие Икс», захватив всех студентов, но упустив Росомаху (который был их целью), уехавшего за несколько часов до начала операции. Вынудив Людей Икс работать на Оружие, Райт занялся поиском Росомахи, которого вскоре нашел и, захватив, привез на базу. Но Логан успел предупредить Братство и Ника Фьюри, Братство вскоре освободило Людей Икс, а Фьюри застрелил Райта.
Позже Люди Икс были вызваны Мойрой Мактаггерт, чтобы выследить сына Ксавье – Дэвида, который мог изменять реальность и переселяться в тела других людей, Человек-лёд был тяжело ранен, и Колосс был вынужден убить Дэвида. Родители Бобби забрали его из школы и попробовали предъявить иск Ксавьеру, на них оказывал давление сенатор, который боялся мутантов и боролся с ними; однако, Человек-Лед отказался сотрудничать с сенатором, и вернулся к Людям Икс. Вскоре после того, как к команде присоединилась новая мутантка Китти Прайд (Призрачная кошка), Ксавье послал Росомаху и Циклопа с миссией на Дикую Землю; Циклоп упал в дыру, и Росомаха оставил его там умирать, ревнуя его Джине Грей. Тем временем, Клуб Адского огня показал раскрыл причину того, почему они финансировали Институт, директор клуба Себастьян Шоу захватил Ксавье, Джины, Колосса и Грозы, проведя обряд вселил в тело Джины космическую силу Феникса.
Магнето вернулся (Ксавьер создал иллюзию его убийства, но на самом деле он заставил Магнето забыть, кто он такой. Телепаты Братства сломали барьер Ксавьера и вернули Магнето память). Братство возобновило свои античеловеческие террористические акты. Людей Икс обвинили в сговоре с Магнето и они были вынуждены скрыться. Они едва не были захвачены командой Алтимэйтс, и их спасло лишь неожиданное появление Человека-Льда. Люди Икс определили местонахождение Магнето благодаря Циклопу, который был найден и вылечен Братством. Нанеся поражение Магнето и, защитив Флориду от ядерного разрушения, устроенного Магнето, Люди Икс стали национальными героями: Белый дом простил их, но поместил под наблюдение Щ.И.Т.а. После этого в команду вступили Ночной Змей и Шельма, а Циклоп выгнал Росомаху. Циклоп позже смягчился, чувствуя, что Росомахе будет лучше с Людьми Икс.
В следующие несколько месяцев произошло многое от налета на Институт остатков Оружия Икс, и присоединения нового мутанта Ангела к группе. Зверь, оставил команду, чтобы присоединиться к конкурирующей программе Эммы Фрост, но был убит, когда Стражи напали на них во время выступления; К Людям Икс присоединилась Ослепительная. Коварный убийца Зловещий проник в Институт в целью убить новых студентов, а самое главное самого Ксавьера. Шельма смогла его обезвредить и Ксавьер передал его в руки Фьюри. По миру прокатилась волна кошмаров, Ксавье послал нескольких Людей Икс в Сибирь, чтобы выяснить, что это означает, где они столкнулись с Алтимэйтс и узнали о прибытии Галактуса; Ксавьер впоследствии помог противостоять этому мировому разрушителю.
